医读壹叁伍BRCA12基因的NGS测

我国白癜风知名专家 http://m.39.net/pf/bdfyy/bdfzj/

壹

概述

一、背景：

在遗传性癌症中检测BRCA1和BRCA2种系突变的常规方法——例如Sanger测序/多重连接依赖性探针扩增(MLPA),是耗时且昂贵的，新一代测序技术（NGS）平台是一个优秀的替代方案，大大提高了DNA测序的速度和效率。

本文中，研究者通过临床常规的乳腺/卵巢遗传性癌症综合症评估测试了IonTorrentPGM平台中IonAmpliSeqBRCA1和BRCA2Panel试剂盒的性能。

二、方法：

1.首先，我们挑选了11名患者作为训练组进行NGS测序，这些训练组成员都在研究机构的实验室中接受了常规的基因诊断。

2.然后，我们随机挑选了名无特征的先证者作为验证组，运行优化过的NGS流程。

三、结果：

对TorrentSuite软件分析流程进行了最小调整后，我们获得了与Sanger结果％一致的单核苷酸改变，插入和缺失的NGS检测结果，训练集中包含的三个基因组大片段重排(LGR)除外。

优化后流程，在验证组中鉴定出了致病性变异和多态性变异，包括外显子3的一个新发现的BRCA2致病性变异，这个变异位点进行了Sanger验证。

为了鉴定LGR，我们对验证组的所有阴性样品进行了MLPA分析。

讨论：

在鉴定BRCA1和BRCA2种系变异的工作中，文章建议采用IonTorrentPGM技术结合MLPA方法来进行分析，此法比传统(Sanger/MLPA)方法具有更高的灵敏度，更方便、快速，性价比更高。

贰

结果解析

文中流程步骤如下图：

1、对11名家族性乳腺癌患者（训练组）进行回顾性研究，先通过Sanger测序检测BRCA1和BRCA2基因的所有外显子，并通过MLPA技术检测大片段基因组重排（LGRs），另外，挑选在年7月至年9月之间，来自LaSapienzaPoliclinicoUmbertoI大学的遗传性肿瘤部门的个未鉴定的先证者，组成前瞻性连续队列(验证组)，选择标准如下：

（i）任何年龄段确诊的大于等于3名家庭成员患乳腺癌，或者两个直系亲人在50岁之前诊断为乳腺癌

（ii）早发性乳腺癌（35岁）

（iii）同时患有乳腺癌和卵巢癌，或直系家庭成员中，有两位被确诊为乳腺癌，至少一位患卵巢癌，或在50岁前，有一位确诊为乳腺癌，另一位确诊为卵巢癌

（iv）男性乳腺癌;

（v）BRCAPro5大于10％（Capalboetal.，a，b;Coppaetal.，）

为所有先证者及其家属提供全面的测试前咨询，保证他们知情同意的权益。研究通过大学的伦理委员会，并承诺遵守赫尔辛基宣言的原则

2、使用商业试剂盒QLAampBloodKit,Qiagen，按其说明书从外周血中提取基因组DNA

3、使用IonTorrentPGM平台的IonAmpliSeqBrca1Brca2panel扩增目标基因区域，覆盖个扩增子，包括所有外显子和10-20bp的内含子侧翼区

4、乳浊液PCR和测序：使用IonOneTouch系统和IonTorrentPGMHi-QOT2试剂盒，按说明书进行乳浊液PCR,并用IonPGM平台进行测序

5、对测序结果进行数据分析：

包括basecalling，多路复用，比对到hg19GRCh37，使用TorrentSuite软件3.6版本和5.2版本，规定总覆盖区域的平均深度最低X，变异区域的平均深度最低X

TS组数据使用CoverageAnalysis和VariantCaller插件和推荐分析参数来分析，VS组使用最新的软件版本进行分析

NGS检测到变异结果，进行Sanger验证(TS的11个样本和VS的60个样本)和MLPA实验；

结果分析：

图1展示了个样本的brca1和brca2的低效率的扩增子的覆盖度，从中可以看到这些扩增子的覆盖度达不到X，还有部分扩增子的正链reads和负链reads深度分布存在偏好性

变异检测结果如表4所示，可见NGS和Sanger展示了非常好的一致性

Journal:PeerJ

IF:3

对此文献感兴趣的老师，可以在下方留言，联系小编要原文哦

预览时标签不可点收录于话题#个上一篇下一篇