Cell：利用蛋白质-基因组学描写人高分

Cell：利用蛋白质-基因组学描写人高分

在一项新的研究中，来自美国西北太平洋国家实验室（PNNL）和约翰霍普金斯大学（JHU）等机构的研究人员研究了名卵巢癌患者的肿瘤蛋白质组以便鉴定她们所患肿瘤中存在的关键性蛋白。通过将这些卵巢癌蛋白质组方面的发现与已知的这些肿瘤的基因组数据整合在一起，研究人员报导了对最为恶性的卵巢癌---浆液性卵巢癌（serousovariancancer）---的潜伏新认识。相干研究结果于年6月29日发表在Cell期刊上，论文标题为“IntegratedProteogenomicCharacterizationofHumanHigh-GradeSerousOvarianCancer”。研究人员说，他们的发现说明了将基因组组数据和蛋白质组数据结合在一起---一种被称作蛋白质-基因组学（proteogenomics）的方法---能够提供浆液性卵巢癌的更加完全的生物学特点。论文共同通讯作者、PNNL生物医学研究部门首席科学家KarinRodland说，“历史上，癌症被认为是基因组疾病。但是，基因组不得不在功能结果中有所反应，这就是蛋白质组数据起作用的地方，这是由于实际上是蛋白在发挥基因组的工作。”论文共同通讯作者、美国约翰霍普金斯大学病理学系病理学与肿瘤学教授an说，“将我们的数据与临床结果关联起来是终究能够预测反应患者存活结果所迈出的第一步，同时也有可能在开发精准医疗和鉴定药物参与的新靶标上提供潜伏的运用。但是正如医学上的任何东西一样，临床验证将是一种漫长而又严谨的进程。”在美国国家癌症研究所的领导下，美国科学家们合作构建癌症基因组图谱（CancerGenomeAtlas,TCGA），其中TCGA的目的就是绘制癌症基因突变图谱。绘制卵巢癌的基因突变图谱工作于年完成。在当前的这项研究中，PNNL研究小组和JHU研究小组各自研究了种高分级浆液性卵巢癌组织样品的一部分，同时也研究了它们的基因组数据和临床数据。JHU研究小组起初基于这些肿瘤修复受损DNA的能力而选择了其中的种样品，并且这些样品中包括BRCA1、BRCA2和PTEN在内的基因产生突变，其中这些突变长期以来与增加的癌症风险和病情严重性相干联。Chan说，“我们选择研究这些样品的缘由在于这些基因产生突变的患者已正在受益于一种特定的乳腺癌医治方案，因此如果我们能够在卵巢癌基因组和蛋白质组中发现类似的基因突变的话，那末这些患者可能也受益于一样的医治方案。”PNNL研究小组起初基于患者的总存活期选择了84种样品。Rodland说，“我们研究了存活期最短的和存活期最长的患者的蛋白质组数据，希望能够找出与极短的存活期、好于平均存活期或更长存活期相干联的生物学因子。”随后，在参与美国癌症研究所的另一个项目---临床蛋白质组肿瘤分析计划（ClinicalProteomicTumorAnalysisConsortium,CPTAC）---时，这两个研究小组合作展开研究。利用基于质谱的蛋白丈量和鉴定技术，这两个研究小组鉴定出这类肿瘤样品中的种蛋白，并且选择研究了这些样品中常见的种蛋白。超出基因组虽然很多人知道我们的基因在癌症产生中发挥着作用，但是基因常常只是一个起始点。基因转录为RNA，然后RNA再翻译为蛋白。这些蛋白的活性存在显著差异，其中很多蛋白产生的变化影响它们的功能及其与其他蛋白之间的相互作用。癌症（特别是高分级浆液性卵巢癌）的特点是遗传指令产生过失。一种情形是基因组的某些区域存在更多拷贝。这些所谓的拷贝数变化能够致使蛋白丰度变化。在这项新的研究中，当对已知的产生拷贝数变化的基因组区域进行比较时，研究人员发现2号、7号、20号和22号染色体的部份区域致使多种蛋白的丰度产生变化。他们说，对这些多种蛋白进行更加仔细的研究揭露出其中的很多蛋白参与细胞运动和免疫系统功能，其中这两种进程参与癌症恶化。Rodland说，“将蛋白质组信息与基因组信息结合在一起能够让人们取得对卵巢癌的新认识，同时提供一种有价值的资源以便科学界能够用来提出关于这类疾病的新假定，和医治它的手段。”

IntegratedProteogenomicCharacterizationofHumanHigh-GradeSerousOvarianCancer

HuiZhang15,TaoLiu15,ZhenZhang15,yne15,BaiZhang,Dermott,Jian-YingZhou,tyuk,LiChen,DebjitRay,ShishengSun,FengYang,LijunChen,JingWang,PunitShah,SeongWonCha,PaulAiyetan,SungheeWoo,YuanTian,itsenko,auss,CaitlinChoi,nroe,StefaniThomas,SongNie,ChaochaoWu,ore,Kun-HsingYu,bb,DavidFeny?,VineetBafna,YueWang,HenryRodriguez,ja,TaraHiltke,vers,LoriSokoll,HengZhu,Ie-MingShih,LeslieCope,AkhileshPandey,BingZhang,yder,vine,ith,an,dland1

doi:10./ll..C:PMID:

Toprovideadetailedanalysisofthemolecular